Bereits im Alter von 20 Jahren übernahm Christoph Schönherr seine erste Chorleitungsstelle. In Frankfurt am Main studierte er Germanistik und Schulmusik, anschließend legte er sein Künstlerisches Diplom als Chordirigent bei Helmuth Rilling ab.

Seine Liebe zum Segeln und dem Meer führten ihn 1980 nach Hamburg, wo er zunächst als Musiklehrer am Walddörfer Gymnasium arbeitete. Zusätzlich übernahm er die Jazzchöre der Universität Duisburg und der Hochschule für Musik und Theater in Hamburg.

An der Hochschule für Künste (HdK) in Berlin promovierte er zum Dr. phil. Lange Zeit hatte er eine Professur für Musikpädagogik und Ensemble-Leitung an der Hamburger Musikhochschule inne. Er war sehr aktiv als Gastdirigent und Juror im In- und Ausland. In letzter Zeit widmet er sich wieder verstärkt der Komposition. Sein 2005 erschienenes »Magnificat« wird mittlerweile weltweit aufgeführt. Auch die beiden anderen großen Chor-Kompositionen »Missa in tempore incerto« und »Hiskia« sind bei Chören und Publikum beliebt. Viele weitere kleinere Kompositionen ergänzen sein Werk.

Sein Jazz-Oratorium »Hiskia« brachte er im Mai 2013 mit der Kantorei als Auftragswerk des evangelischen Kirchentags in Hamburg zur Uraufführung.